Pas de vacances pour la pandémie. Alors que les juillettistes profitent des récents pics de chaleur en bord de mer ou à la montagne, le dernier point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France rappelle que le Sars-CoV-2 circule toujours sur le territoire. Pendant la semaine du 19 au 25 juillet, le taux de reproduction (ou R effectif) de l’épidémie a bondi dans le Centre-Val-de-Loire, passant de 0,74 à 2,27. C’est nettement plus élevé que la moyenne nationale qui s’établit à 1,38. Le R effectif reste aussi significativement supérieur à 1 dans dix autres régions de France métropolitaine : la Bretagne (1,15), la Bourgogne-Franche-Comté (1,18), le Grand Est (1,23), l’Île-de-France (1,34), les Pays de la Loire (1,35), la Nouvelle-Aquitaine (1,36), les Hauts-de-France (1,41), la Provence-Alpes-Côte d’Azur (1,44), l’Auvergne-Rhône-Alpes (1,54) et l’Occitanie (1,86). Seule la Normandie est légèrement en dessous du seuil avec un taux de 0,98. Pas de taux de reproduction calculé pour la Corse car, selon Santé publique, France, cet indicateur “n’est pas estimable de façon fiable en raison d’un nombre de cas insuffisant sur les sept derniers jours”.

Pour rappel, le taux de reproduction est un des quatre indicateurs épidémiologiques – avec les taux de positivité, d’incidence et d’occupation de lits de réanimation – scrutés par les autorités sanitaires afin de déterminer si une région ou un département doit passer en zone orange ou verte. Il indique le nombre de personnes que contamine un individu infecté par le Covid-19. “S’il est supérieur à 1, cela veut dire que chaque porteur du virus va le transmettre à plus d’une personne et donc l’épidémie augmente”, expliquait le ministre des Solidarités et de la Santé Olivier Véran lors de la présentation de la deuxième phase du déconfinement. Lorsque le R est inférieur à 1, on peut alors considérer que l’épidémie régresse. Quand le facteur de reproduction franchit ce seuil, cela signifie que des clusters (foyers épidémiques) se sont formés, et qu’ils sont en cours d’investigation. Depuis le 9 mai, 531 clusters sont apparus en France, dont 499 en métropole et 32 dans les régions et départements d’outre-mer. 28 % d’entre eux sont en cours d’investigation, dont un tiers en criticité élevé.

L’Auvergne-Rhône-Alpes, l’Île-de-France et le Grand Est en alerte

Depuis la mi-juillet, Santé Publique France a étoffé son analyse du taux de reproduction. Les estimations sont désormais basées sur les nombres de tests PCR positifs au Sars-CoV-2 remontés par le système SI-DEP ainsi que sur les passages aux urgences pour suspicion de Covid-19, données collectées par Oscour. En tenant compte des facteurs de reproduction calculés à partir des bases SI-DEP et Oscour, les taux de trois régions métropolitaines sont particulièrement préoccupants. Il s’agit de l’Auvergne-Rhône-Alpes, de l’Île-de-France et du Grand Est. Pourquoi ? Parce qu’elles affichent chacune un R effectif significativement supérieur à 1 avec les deux méthodes de calcul (tests PCR positifs et passages aux urgences pour suspicion de Covid-19). Ce qui n’est pas le cas des autres régions. Par exemple, là où l’Auvergne-Rhône-Alpes accuse d’un facteur de reproduction de 1,54 (SI-DEP) et de 1,14 (Oscour), la Nouvelle-Aquitaine présente un taux de 1,36 (SI-DEP) et de 0,92 pour les passages aux urgences (Oscour). L’île-de-France et le Grand Est ont respectivement un R effectif de 1,25 et 1,29, calculés à partir des données Oscour.

>> À lire aussi – Coronavirus : des résultats prometteurs pour ces médicaments testés à Lyon

Dans les Outre-mer, seule la Guadeloupe affiche un taux de reproduction significativement au-dessus du seuil : il s’établit à 1,67 (données SI-DEP) là où ceux de la Guyane (0,88) et de Mayotte (0,66) sont inférieurs à 1. Mais si on tient compte des passages aux urgences pour suspicion de Covid-19 (base Oscour), le facteur de reproduction de Mayotte franchit le seuil et atteint 1,17.